BioSolvetIT SeeSAR(可视化药物设计平台)

BioSolvetIT SeeSAR是一款直观、可视化的药物设计平台，广泛用于分子和原子化合物的原型设计和模拟。从虚拟筛选到基于片段的设计，包括所有对处理化合物和目标结构至关重要的工具，已经根据任何化学家的需求进行了微调，如ADME属性评估，全面的颜色编码，空置装订口袋可视化，以及许多其他功能，支持您做出合理的交互式决策。

BioSolvetIT SeeSAR为用户提供了一个强大的工具来快速筛选配体修饰或延伸，以探索或填充靶结构的结合腔。帮助您生成新的知识产权或解决分子中的问题，在Inspirator模式中实现的ReCore工具的支持下，SeeSAR在预处理库(即所谓的“索引”)中搜索，以匹配所选分子区域中的替代物。  

软件特色

1、快的

快速对接、设计和分析您的化合物，并提供快速而丰富的计算。

2、视觉的

通过直观的颜色代码和华丽的可视化评估配体-目标相互作用。

3、容易的

我们提供令人满意的即时药物设计体验。没有学习曲线！

BioSolvetIT SeeSAR安装教程

1、下载BioSolvetIT Seesar资源包，进行解压获得BioSolvetIT Seesar安装包

2、默认进行安装

3、安装完成不要立即运行

4、将patch文件夹中的exe文件复制到BioSolvetIT Seesar目录下进行覆盖

5、之后打开BioSolvetIT Seesar即为注册版本

软件功能

1、蛋白质模式

拖放你的蛋白质，或者在网上数据库中轻松搜索。几秒钟内，你的目标就准备好了，你可以开始了。

2、蛋白质编辑器模式

根据你的需要修改你的蛋白质。探索旋转异构体，引入突变，定制侧链。

3、结合位点模式

SeeSAR自动为您检测配体的结合位点。此外，您可以通过添加单个残基来精确扩展它——或者只需单击一下就可以找到蛋白质中的空口袋。

4、分子编辑器模式

在2D或3D飞行中根据您的喜好修改分子。一旦你完成了，分子就直接为你的任务做好了准备。

5、分析器模式

估计亲和力，并使用可视化的海德评分解释结果。筛选化合物的相关参数，计算ADME性质，并获得对配体-靶相互作用的完全控制。

6、注射器模式

创意无限！发现新的支架，探索并生长到自由腔中，或使用片段库连接分子以获得优雅的解决方案。

7、停靠模式

只需一次点击，即可将您的化合物对接！筛选活性物质库，并本能地评估您的结果。

8、相似性扫描仪模式

根据分子相似性排列化合物，无需目标结构。

更新日志

v13.1.1版本

共价对接的改进

共价弹头的自动探测；SeeSAR现在从输入分子中检测36种最常用的共价弹头，并自动将其转化用于共价对接，从而产生共价蛋白质-配体复合物。

一旦共价对接开始，检测和转化就在后台进行。

用户现在可以避免手动编辑分子和在输入分子的适当位置添加连接原子的繁琐步骤。

带有接头[R]的分子仍然像往常一样支持共价对接。

适合共价对接的自动检测蛋白质残基

SeeSAR现在检测结合位点中的残基Cys、Ser、Thr、Tyr、Lys、Gln和Asn，并将其制备为锚，用于通过对接以对接模式共价附着分子。

任何适合共价停靠在结合位点的残基(来自上面的列表)在可能发生共价连接的侧链上以蓝色半透明胶囊突出显示。

要选择一个残基进行共价对接，只需单击相应的胶囊即可。共价对接的残基分配通过胶囊颜色变为粉红色来直观指示。

注意:对接过程中，SeeSAR不会确定所选残基与对接库中分子的相容性。来自停靠库的所有分子将停靠在选定的残基上。

外部硬件上的大规模坞站:引入外部对接模式

停靠模式开关现在可以切换到右侧，以找到SeeSAR的新模式，用于运行大规模停靠计算外部硬件，如单个强大的机器或集群。

成功使用此模式的先决条件是配置HPSee、BioSolveIT的高性能计算框架，该框架也随此版本一起推出。

一旦在外部服务器(远程机器、集群)上安装了HPSee，就可以通过SeeSAR的系统设置中新添加的“Web服务”选项来配置对服务器的访问。

该模式接受各种输入，包括从其他模式添加的分子、从外部文件加载的分子以及通过HPSee上传到外部服务器的库。

此模式下的所有停靠运行都在配置的外部硬件上运行，一旦启动运行，用户就可以切换到SeeSAR中的其他模式来执行其他任务。

如果用户愿意，也可以通过在系统设置的“计算”选项中打开相应的自动计算，在服务器上完成停靠姿态的海德优化。

注意:一旦在此模式下启动停靠运行，建议不要改变所用蛋白质的结合位点。

用户通过播放按钮上的进度指示器得知正在进行的对接运行的状态。

用户可以通过单击橙色按钮来取消已经开始的运行，这将终止运行并从服务器中删除所有结果。

通过由消息中心传送的适当通知消息，用户被告知他们启动的运行完成。

可用性改进:加强对颜色和可见度的控制

SeeSAR现有版本中的序列视图现在被更恰当地命名为“目标视图控制”面板。该部分提供了改进的可用性，以控制装载到SeeSAR中的目标大分子的不同组分的可见性和颜色。

不言自明的下拉项目“可见性”和“颜色”规定了目标上的哪些成分，即残基、链、分子、金属和表面，将在其上进行预期的颜色或可见性分配。

杂项改进

将蛋白质加载到蛋白质或蛋白质编辑器模式时，SeeSAR会检查结构的完整性，如果结构不完整，会通过表格上蛋白质条目上的指示器警告用户。

如果SeeSAR检测到PDB信息数据库过期，PDB输入区会显示一个警告三角形。